一九O六年閩南區會(福建省)派楊天賜先生來台做文字佈道工作。他在台中帶領了廿多位青年歸主,後來被日本政府驅逐出境。一九三四年三月,日本區會派和地永生牧師全家來台南傳道。他於一九四二年三月離台。以後畠清光牧師接續在台南傳道。不久,二次世界大戰爆發,法令嚴禁傳教,教會被關閉,他也被關在台南監獄。

中華分會在抗日勝利後(一九四七年),召開第一次全國代表大會的執委會中計劃在華南區兩處開拓新工,一是海南島,其二是台灣,指派林本善牧師為台灣區區主任。此外,又派廈門李天遮牧師,閩北楊德興牧師,汕頭許向榮教士等共同推展台灣的開拓重任。嗣後台灣區會稱他們四位為四大先鋒。

台灣光復後,於一九四九年春,中華分會派柯爾義和愛培爾兩位美籍牧師來台,前者任台灣區會會長,後者當司庫。兩位到任後,就在建國北路廿六號(舊址)購地建區會辦公處及同工宿舍共四座,宣教事工迅速擴展至全省各地。

一九六四年後台灣開拓聖工突飛猛進,為了宣教事工之迅速發展,始於一九六四年重新改組為二個區會,一為北台區會(彰化縣以北至花蓮縣),二為南台區會(雲林縣以南至台東縣)。本會在台宣教進入發展期以後,發現平地和山地的傳教工作及其需要有著明顯的迥異,因此,於一九六九年本會再度重新組織行政系統,將平地和山地分開,各自成立一個區會,促使宣教本土化能及早落實。平地稱為台平區會,而山地稱為台安區會。翌年(一九七O年)在屏東市興建原住民宣教大樓,開啟了原住民宣教新頁。台平區會辦公室則由台北市遷至台中市(原時兆之聲辦公處)。不久,六年後的一九七六年底,聯合會為了台灣區會朝向自養自立決定把兩個區會合併為台灣區會。會址設置於台中市民權路一五三號(一九七七至一九八九年),俟佈道大樓竣工啟用始遷至現址(台中市中華路二段一九五號)迄今。